了解發酵過程中產生泡沫的原因及其消長規律，可有效地控制泡沫，泡沫的控制可以采用兩種途徑：

(1)調整培養基中的成分，如少加或緩加易起泡的原材料；改變某些參數，如pH、溫度、通氣和攪拌；或者改變發酵工藝，如采用分次投料來控制，以減少泡沫形成的機會，但這些方法的效果有限。

(2)采用機械消泡或消泡劑消泡這兩類方法來消除已形成的泡沫，這是公認的比較好的方法。

(3)近年來，從微生物本身的特性著手，防止泡沫的形成，如單細胞蛋白生產中，篩選生長期不產生泡沫的微生物突變株，來消除起泡的內在因素。